Manuel Fernandes nasceu em Lisboa em 1961.
Começou a estudar piano aos onze anos na Fundação Musical dos Amigos das Crianças (FMAC), onde foi aluno de Maria de Fátima Fraga. Fez o Curso Superior de Piano no Conservatório Nacional, na classe de Jorge Moyano. Com uma bolsa da Secretaria de Estado da Cultura, prosseguiu estudos em França, durante três anos, com Olivier Gardon no CNR de Rueil-Malmaison.
Tem-se dedicado sobretudo ao ensino, na FMAC, na Escola de Música - Luís António Maldonado Rodrigues - Torres Vedras, e desde 1993 no Instituto Gregoriano de Lisboa.
É licenciado em Ciências Musicais pela Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da UNL.
Em 2017 concluiu a gravação integral das sonatas para tecla de Carlos Seixas, disponíveis em 117 vídeos no YouTube.